1956年8月6日，国务院〔56〕国二办周字第19号文，正式批准在北京、上海、广州、成都分别成立四所中医学院。

1956年9月1日，上海中医学院宣告成立，在国华大楼举行第一届开学典礼，上海市副市长金仲华到会并宣布市人民委员会决定，程门雪任院长。学校暂借北苏州河路的河滨大楼部分房屋作为校舍。1958年，学校正式搬迁至徐汇区零陵路校区。

1983年，学校被指定为联合国世界卫生组织传统医学合作中心之一；同年，学校成立中国上海国际针灸培训中心，是中国最早的3所国际针灸培训中心之一；同年，学校经国家教委审核批准成为全国可接受外国留学生的66所高校之一。

1984年11月26日，经国家科委批准，上海市中医药研究院正式成立，实行与上海中医学院“两块牌子、一套管理机构”的体制。

1993年12月6日，国家教委批准上海中医学院更名为“上海中医药大学”。

2000年，上海医学高等专科学校并入上海中医药大学。

2003年，学校整体搬迁至浦东新区张江高科技园区。