经上海市科学技术委员会批准，上海市中医临床重点实验室于2010年7月在上海中医药大学附属曙光医院立项筹建。依照建设要求，上海市中医临床重点实验室依托曙光医院的中医临床优势学科、部市级重点实验室（肝肾疾病教育部重点实验室、上海市第二期重点（优势）学科中医内科实验室等）和曙光医院建设研究型中医医院科研平台，围绕脏器纤维化，发挥中医药原创优势，以国家重大重点项目为抓手，开展中医药防治脏器纤维化相关疾病的临床方案优化及其作用机制研究，并以此带动中医中药在临床优势病种的临床诊疗规范推广和原创性药物开发研究,发挥中医特色和优势，培养优秀科技人才、加强对外开放，加强实验室基础设施建设，推动中医药临床科技成果转化，是上海市中医药发展创新体系的重要组成部分。

实验室日常运作采取在实验室主任负责下的课题组长责任制（PI），实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，采用全员聘任，实行目标管理，成立了以全国名中医严世芸教授为主任的中医临床重点实验室学术委员会，2011年以上海市中医临床重点实验室名义加盟了上海研发公共服务平台。先后有中医肝病、中医肾病、中医心血管、中医内分泌、细胞免疫实验室、中医肿瘤、中医肺病课题组和中药药理中心等八个曙光医院临床优势学科入驻。中医临床重点实验室主任由刘成海教授担任，现有学科带头人17名，研究和管理人员39名，流动研究人员14名，重点实验室科研用房建筑面积达4020 M²。

经过9年的建设，上海市中医临床重点实验室在肝硬化中医病机理论的创新与发展应用，扶正化瘀方抗肝纤维化的现代化与国际化发展研究，慢性病毒性肝炎中西医治疗方案优化研究，病证结合防治肾纤维化的临床评价及作用机制研究，大肠癌中医药国际合作研究，慢性心衰和糖尿病及其并发症的名家经验传承和创新等方面取得了突出成绩，促进了中医学科的发展。

重点实验室各课题组承担了国家973、863计划、国家支撑计划、国家科技重大专项及国家自然基金等重大、重点项目，并获得上海市三年行动计划的资助，已培养国家973首席科学家1名，863首席专家1名，百千万人才工程2名，国家卫健委有突出贡献中青年专家1名，上海市领军人才6名，上海市名中医7名，东方学者1名，岐黄学者1名，每年培养博士、硕士研究生70余名。

2012年9月28日，顺利通过了上海市科学技术委员会组织的上海市中医临床重点实验室的专家验收。并于2013年、2016年、2019年，顺利通过了上海市科学技术委员会和上海市科技项目（评估）管理中心组织的上海市重点实验室阶段评估。上海市中医临床重点实验室已逐渐成为本领域学术研究与交流、技术研发与应用的重要基地。