1956年8月6日，国务院〔56〕国二办周字第19号文，正式批准成立上海中医学院。
9月1日，上海中医学院宣告成立，在国华大楼举行第一届开学典礼。
1956-1958年学校在临时校舍河滨大楼开展教学。
1958年，学校正式搬迁至徐汇区零陵路校区。
1959年2月21日，由中华医学会创办的医学史专业博物馆划归学校，更名为上海中医学院医史博物馆。
1960年4月，由上海市第十、第十一人民医院合并组建为曙光医院。
1960年7月，新建龙华医院。
1976年1月，市公费医疗第五门诊部与推拿门诊部合并，组建成岳阳医院。
1978年，学校作为全国中医院校首批研究生招生单位，向全国招收硕士研究生27名，1981年学校首批硕士研究生毕业。
1983年，学校被指定为联合国世界卫生组织传统医学合作中心之一；
同年，学校成立中国上海国际针灸培训中心，成为国家教委审核批准全国可接受外国留学生的66所高校之一。
1984年11月26日，经国家科委批准，上海市中医药研究院正式成立，与学校实行“两块牌子、一套管理机构”的体制。
1987年，学校首届博士研究生毕业。
1993年12月6日，国家教委批准上海中医学院更名为“上海中医药大学”。
1999年，学校接受教育部的本科教学优秀评价工作，成为国家首批通过优秀评估的3所院校之一。
2000年4月28日，上海医学高等专科学校并入上海中医药大学。
2003年，学校整体搬迁至浦东新区张江高科技园区。
2017年9月24日，教育部、财政部、国家发展改革委印发《关于公布世界一流大学和一流学科建设高校及建设学科名单的通知》（教研函〔2017〕2号），学校入选一流学科建设高校。
2020年6月12日，上海市人民政府、教育部、国家中医药管理局颁布《上海市人民政府教育部国家中医药管理局关于共建上海中医药大学的意见》（沪府〔2020〕37号），学校正式成为市部局三方共建高校。
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