上海中医药大学校标主体图案外形为“鼎”，寓意中医药文化的传承与鼎盛；内形为“炉”，象征岐黄学子在校内淬炼成才。内核的太极图案为艺术化呈现。主体图案似“申”，特指上海申城，彰显学校的地域特点及海纳百川、兼容并蓄的文化特征。该图案又似篆书“東”，暗含中医药文化源起东方之意。图案中央蕴含“中”字造型，体现学校的中医药特色。中英文校名体现学校的国际化与开放性。“1956”表示建校时间。色彩为暗红色，古朴，庄重，衬托出学校源远流长的历史。