上海中医药大学工会目前有工会会员1280名，部门工会21个，工会小组75个，专职工会干部4名。下设组织、宣传、女工、文体、生活福利等委员以及经费审查委员会、救急济难基金管理委员会。附属企事业单位：上海中医业余进修学院（成立于1988年），上海中医药大学职工技术协会（成立于1994年）。工会社团有：上海中医药大学青年教师联谊会（成立于1994年）、女教授女医师联谊会（成立于1989年）、教工羽毛球协会、教工篮球协会、教工电声乐团、教工棋牌协会、教工合唱团。　　上海中医药大学工会于1956年8月开始筹备，由成德余负责。1957年上半年召开了第一次工会会员代表大会，正式成立第一届工会委员会，会员103人，工会小组11个。由王超然任工会主席，朱冠文任副主席，隶属于市医务工会。1958年改选，朱冠文任主席，沈仲理任副主席，当时起工会改属于上海市教育工会。1959年5月19日，召开第二次工会会员代表大会，选举产生第二届工会委员会。1960年9月，召开第三次工会会员代表大会，选举产生第三届工会委员会。1962年1月25日第四次工会会员代表大会召开，选举产生第四届工会委员会。1964年5月23日召开第五次工会会员代表大会，选举产生第五届工会委员会。1966年“文化大革命”开始，工会停止一切活动。1979年1月，成立工会复建筹备委员会，开始办理老会员登记和新会员发展手续。各部门工会也陆续恢复组织活动。同年7月，召开第六次工会会员代表大会，选举产生第六届工会委员会，经党委同意，市教育工会批准，由贾福华任主席，宁玉明（专职）、陈学勤、钱世达任副主席。1980年3月增补孟洪杉为副主席（专职）。下设宣传、文体、职工福利、女工等委员。会员总数1180人，工会小组76个，工会设办公室，由顾家柱任主任。专职工会干部6人。1986年6月召开第七次工会会员代表大会，选举产生第七届工会委员会。1992年6月召开第八次工会会员代表大会，选举产生第八届工会委员会。 1993年1月，学院实施综合改革，实行干部聘任制，定编定岗，工会专职干部定编3人。1998年1月召开第九次工会会员代表大会，选举产生第九届工会委员会。2002年3月召开第十次工会会员代表大会，选举产生第十届工会委员会。2006年3月召开第十一次工会会员代表大会，选举产生第十一届工会委员会。　　上海中医药大学工会在校党委和上级工会的领导下，以“围绕中心，服务大局，服务教工，突出维护”的工作思路，以“民有所呼，我有所应”的工作理念积极开展工作。坚持以推进校务公开、加强和完善教代会制度为重点的民主政治建设，以师德建设为核心、以青年教师培养为重点的教职工队伍建设和以“帮困送暖”、“补充保险”、“疗休养”以及文体工作有机结合的保障工程建设，较好地履行了工会的社会职能，努力把教职工的智慧和力量凝聚到学校的改革和发展中来。1997年至今，已连续三次荣获上海市高校“先进教工之家”，2002年荣获上海市总工会“模范职工之家”，2003年荣获上海市高校“先进教工之家免检单位”等荣誉称号。